Cursou Direito na Universidade de Coimbra e, tal como o seu irmão gémeo César, após a licenciatura, em 1907, acabou por seguir a carreira diplomática

A 12 de maio de 1910, foi nomeado cônsul de 2. ^a classe na Guiana Britânica, passando depois a exercer funções em Zanzibar, onde ganhou muito prestígio. Aqui, juntamente com Angelina de Sousa Mendes, sua esposa e mãe dos seus 14 filhos, sofreu alguns reveses de saúde, agravados sobretudo pelo clima paludial daquela zona africana. Assim, solicitou várias vezes a transferência e acabaria por ver atendidos os seus desejos em fevereiro de 1918, altura em que foi nomeado para desempenhar o mesmo cargo em Curitiba, no Brasil

Ainda nesse ano, em plena ditadura de Sidónio Pais, foi promovido a cônsul de 1. ^a classe. Porém, devido às suas convicções monárquicas e antirrepublicanas, veria, em 1919, as suas funções serem suspensas – um despacho ministerial colocava-o no estado de disponibilidade, situação que geralmente significava inação ou, eventualmente, a atribuição de um serviço irregular que implicava sempre uma perda considerável do vencimento

Em meados de 1921 foi convidado a dirigir temporariamente o consulado em S. Francisco, na Califórnia. Os dois anos aqui passados terão contribuído, devido ao elevado custo de vida americano e simultaneamente à redução salarial a que tinha sido sujeito, para o estado precário da sua situação financeira. Foi solicitado mais do que uma vez para voltar ao Brasil até que, em 1926, uma portaria obrigou-o a regressar a Lisboa para prestar serviço na Direção-Geral dos Negócios Comerciais e Consulares

Com o golpe de Estado de 28 de maio de 1926, Sousa Mendes foi nomeado cônsul em Vigo. Apoiando e servindo desde o seu início o regime ditatorial, recebeu várias vezes louvores de Salazar. Todavia, com o afastamento do irmão do cargo de ministro dos Negócios Estrangeiros, Sousa Mendes ficou revoltado com o governo, não entendendo a "duplicidade, a deslealdade e a intriga que caracterizavam o funcionamento interno do Palácio das Necessidades

De 1931 a 1938 foi cônsul em Antuérpia, sendo então transferido, mal-grado seu, para Bordéus. No entanto, foi devido a esta transferência que Aristides de Sousa Mendes viria a desempenhar o papel público mais importante da sua vida. À medida que crescia na Europa o Nazismo, crescia também o número de refugiados, sobretudo judeus. Muitos deles escolheram Bordéus, então sob o governo de Vichy, como destino temporário

Aí, Sousa Mendes, contrariando instruções formais recebidas, concedeu milhares de vistos – julga-se que cerca de 30 000 - a judeus que procuravam escapar ao extermínio nazi. Chegou mesmo a albergar refugiados na sua casa em Bordéus e na sua residência de Cabanas de Viriato. Estas atitudes desagradaram muito a Salazar, que o destituiu em 1940

Sousa Mendes ainda apelou para o Supremo Tribunal Administrativo e para a Assembleia Nacional, mas de nada lhe valeu. Em Bordéus, porém, foi-lhe erguida, em 1994, uma estátua

Em 1949, Aristides de Sousa Mendes, sem a sua esposa, que morrera um ano antes, e sem os filhos, maioritariamente emigrados nos EUA, viria a casar com Andrée, de quem tinha tido uma filha. Acabou por morrer a 3 de abril de 1954, no Hospital da Ordem Terceira, em Lisboa, só e com imensas dificuldades financeiras

Depois da sua morte, os seus bens foram vendidos em hasta pública ainda para pagamento de dívidas. Restaram apenas as paredes da sua casa que, à mercê de estranhos, foram, ao longo dos anos, aproveitadas para abrigo de animais

Em 1967, Yad Vashem, uma organização estatal israelita para a recordação dos mártires e heróis do holocausto, homenageou Aristides de Sousa Mendes com uma das suas mais altas distinções. Em 1987, o presidente da República Mário Soares conferiu-lhe, a título póstumo, a Ordem da Liberdade e, em 1989, a Assembleia da República reparou a grave injustiça que lhe fora cometida, reintegrando-o no serviço diplomático por unanimidade e aclamação

A 6 de abril de 2005 foi homenageado nos Estados Unidos da América, e a sua coragem e determinação em salvar judeus no tempo da Segunda Guerra Mundial irão ser recordadas para sempre na Galeria dos Salvadores do Museu da Herança Judaica, em Nova Iorque